V roce 2004 společnost prodala ruské společnosti OMZ Škodu JS a Škodu Kovárny a Hutě (dnes Pilsen Steel) za nezveřejněnou částku (údajně přes 1,2 mld Kč).Zároveň Škoda postupně koupila několik společností z oboru dopravy, např. Škodu Electric, maďarský Ganz, české VÚKV, MOVO, ČKD Vagonka (dnes Škoda Vagonka) či Pars nova. Nakonec v roce 2009 společnost Škoda Holding prodala za 11,5 mld. Kč 100 % podíl ve své divizi turbín Škoda Power jihokorejské společnosti Doosan Group.20. září 2010 bylo oznámeno, že společnost Škoda Transportation prodala skupina Appian čtyřem fyzickým osobám, a to dvěma manažerům společnosti Appian (Marek Čmela a Jiří Diviš) a dvěma manažerům Škody Holding (Tomáš Krsek a Michal Korecký). Pravděpodobní noví vlastníci oznámili, že uvažují o uvedení akcií společnosti na burzu.