Roku 1999 se podařilo uzavřít dohodu s věřitelskými bankami a společnost stabilizovat. V dubnu 2000 byla založena akciová společnost Škoda Holding, která jednotlivé oborové dceřiné společnosti zastřešovala. V roce 2003 stát prodal 49 % podíl ve společnosti skupině Appian Group za 350 milionů Kč, později ve stejném roce Appian Group koupil zbylých 51% společnosti od dalších vlastníků. Appian Group byla společnost se sídlem v Nizozemsku s nejasnou vlastnickou strukturou, kterou se nepodařilo rozkrýt ani české policii. Dle zjištění MFDnes, byl mezi konečnými beneficienty Appianu vedle manažerů uvedených v následujícím odstavci i Martin Roman.Appian zahájil ve společnosti další restrukturalizaci s cílem zaměřit se pouze na dva hlavní výrobní obory – klasickou energetiku a dopravní strojírenství.